为避免提取的核酸在柜内反复循环，造成标本之间的交叉污染，出现假阳性结果，该区域配备的生物安全柜必须是B2型的。生物安全柜工作区垂直气流全部来自实验室，排风经过过滤器(www.rfilter.com)过滤后直接排至室外，不允许回到安全柜和实验室中。
根据经验，如果实验室内配备生物安全柜，每配备一台，实验室的面积增加10m2;标本制备区的面积宜在25m2~30m2之间。本区的压力梯度要求为:相对于邻近区域为正压，以避免从邻近区进入本区的气溶胶污染。
扩增室该区域主要进行的操作为DNA或cDNA扩增。此外，已制备的DNA模板和合成的cDNA(来自样本制备区)的加入和主反应混合液(来自试剂贮存和制备区)制备成反应混合液等也可在本区内进行。
在巢式PCR测定中，通常在轮扩增后必须打开反应管，因此巢式扩增有较高的污染危险性，第二次加样必须在本区内进行。
扩增室主要配备PCR实验室的核心仪器PCR仪，本文实例中使用了ABI7500和ABI9700两种PCR仪。
在实验室建造过程中，需要给PCR仪配备专门的UPS电源，以保证其正常工作。该区面积控制在15m2~20m2。
本区的压力梯度要求为:相对于邻近区域为负压，以避免气溶胶从本区漏出。为避免气溶胶所致的污染，应尽量减少在本区内的不必要的走动。个别操作如加样等应在超净台内进行。建议采用5~10Pa压差，在控制上比较容易实现。
分级及分类:I级：生物安全柜可使气体由外向柜内流动，然后气流排向外界，配有微粒空气过滤器，仅能捕获0.1-0.3um以上的颗粒，不能捕获化学烟气。II级：又分为A1,A2,B1,B2.目前使用的是II级A2,B2型生物安全柜。气流可部分在柜内循环，部分外排，B2全部排到室外。III级：经过滤器净化的无涡流的单向流空气，下部为手套箱式操作口，箱内负压，可确保人体与柜内物品完全隔绝。
3.2.1 人物分流
PCR负压实验室设置一个公共走廊，工作区之间设置传递窗，完成试剂传送。：医生通过缓冲间更衣进入各实验区，同时进行洗手消毒。物流：在四个试验区之间设置传递窗，进行物品传送。
3.2.2 门实现电子互锁
各实验区及缓冲间设置电子互锁，一次只能打开其中一扇门，不能打开同时打开两扇门，这样，能够避免空气外流，详见图3。注意，门开启方向与气流方向应同一个方向。
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